Fundada por el famosísimo Sid Meier y su amigo «Wild» Bill Stealey, el primero se encargaba de la dirección creativa y el segundo de la gestión. En su prolífica existencia, dieron lugar a grandes obras y tuvieron una muy interesante vena experimental.

Un tiempo después de su fundación, Stealy compró la parte de Meier y este último siguió trabajando para la empresa como subcontratado, en tanto que la empresa apoyaba todas sus producciones.

En 1990, con problemas económicos y lanzamientos que no funcionaron, Stealy empezó a buscar compradores. Vendió MicroProse a Spectrum HoloByte y la dejó para fundar Interactive Magic.

MicroProse funcionó bien bajo la propiedad de Spectrum HoloByte hasta 1996, momento en que su matriz empezó a reducir costes y personal y abandonó su propia marca en favor de MicroProse. Sid Meier y su amigo Jeff Briggs partieron para fundar Firaxis Games, junto con Brian Reynolds, que también había trabajado con ellos en MicroProse.

En 1998, Spectrum HoloByte fue vendida a Hasbro, que pasó a ser propiedad de Infogrames en el año 2000. Un año más tarde, MicroProse desapareció como empresa.