La historia de Microïds podría calificarse como turbulenta. Fue fundada por Elliot Grassiano como estudio de desarrollo. En 1995 decidió expansionarse y dedicarse asimismo a producción y distribución. Abrió oficinas en Italia, Reino Unido y Canadá.

Por otra parte, Emmanuel Olivier fundó en 1992 Index+, otro estudio de desarrollo independiente. En el año 2000, Index+ se une al grupo Wanadoo y para a llamarse Wanadoo Edition.

Ya en 2003, tras serios problemas económicos que pusieron al borde de la quiebra a Microïds, Emmanuel Olivier la adquiere junto con Wanadoo Edition, y las fusiona en MC2. Elliot Grassiano deja la compañía. Se desmantelan las oficinas de Microïds en Reino Unido e Italia entre 2003 y 2005; la gran mayoría de los empleados italianos terminan en Blue Label Entertainment, fundada en Milán en julio de 2005. Unos meses antes, en marzo de ese mismo año, Ubisoft adquiere Microïds Canadá, reteniendo MC2 la propiedad de las franquicias allí desarrolladas.

En 2007, MC2 relanza como imagen suya el sello Microïds, con sedes en París y Montreal (donde abren un nuevo estudio), un movimiento que califican de «retorno a lo básico» para asegurar que «la aventura continúa».

En 2008, compra los derechos del catálogo de la extinta Cryo.

Anuman Interactive adquiere MC2 a finales de 2009, junto con la marca Microïds y todas sus propiedades intelectuales.